9 lipca 1997 roku Gil Amelio pożegnał się z Apple.

W roku 1996 Apple kończyła się gotówka, firma wydawała na rynek słabej jakości produkty, nie miała żadnej strategii jeśli chodzi o systemy operacyjne, a ogólne nastroje wśród pracowników były złe. W takich okolicznościach schedę po odchodzącym po nieco ponad dwóch latach na stanowisku CEO Michaelu Spindlerze przejmuje Gil Amelio.

Amelio od momentu objęcia stanowiska w Apple zaczął ciąć koszty, zwalniać pracowników – zredukował zatrudnienie o 1/3, oraz zakończył kilka projektów, w tym projekt systemu operacyjnego Copland dla Macintosha. Był także człowiekiem, który doprowadził Apple do zakupu NeXT, nowej firmy Steve’a Jobsa, którą założył po odejściu z Apple w 1985 roku. Zakup NeXt, który doszedł do skutku ostatecznie w 1997 roku, miał dać Apple właśnie pożądany system operacyjny. W pakiecie z NeXT Amelio dostał Jobsa, który został oficjalnie jego doradcą. Za krótkich rządów Amelio akcje Apple nadał szybowały w dół, osiągając wynik najniższy w ciągu ostatnich 12 lat w drugim kwartale 1997 roku. Jak się później okazało spadek na giełdzie spowodowany był sprzedażą 1,5 miliona akcji Apple przez niezidentyfikowaną osobę. Jak się później okazało tą osobą był Jobs. W lipcu 1997 roku Steve Jobs przekonał zarząd firmy, żeby pozbyli się Amelio ze stanowiska. Apple ogłosiło jego rezygnację 9 lipca 1997 roku. Tymczasowym prezesem firmy został wtedy Steve Jobs.